Lịch sử hóa thực phẩm có từ những năm 1800 khi các nhà hóa học nổi tiếng đã phát hiện các chất hóa học quan trọng trong thực phẩm, đó là Carl Wilhelm Scheele (chiết xuất axít malic từ táo vào năm 1785), và Sir Humphry Davy (xuất bản quyển sách đầu tiên đến thời điểm đó về hóa thực phẩm và nông nghiệp vào năm 1813 có tựa Elements of Agricultural Chemistry, in a Course of Lectures for the Board of Agriculture tại Vương quốc Liên hiệp Anh và Bắc Ireland tạo nền tảng cho lĩnh vực này trên khắp thế giới, và hiện nay đã được tái bản đến lần thứ năm. Quyển sách cũng lưu ý đến vấn đề chất lượng nguồn cung cấp thực phẩm, chủ yếu về sự giả mạo các loại thực phẩm và ô nhiễm thực phẩm mà ban đầu là sự ô nhiễm cố ý để sau này dẫn đến sự ra đời phụ gia thực phẩm hoá học vào thập niên 1950. Sự phát triển của các trường đại học và cao đẳng trên khắp thế giới, đáng chú ý nhất là ở Hoa Kỳ đã mở mang ngành hóa thực phẩm cũng như việc nghiên cứu các chất thực phẩm, đáng chú ý nhất là Single-grain experiment trong thời kỳ 1907-11. Nghiên cứu bổ sung của Harvey W. Wiley tại Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ trong giai đoạn cuối thế kỷ 19 đã đóng một vai trò quan trọng trong việc thành lập Cục quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ năm 1906. Hội Hóa học Hoa Kỳ thiết lập Ban Hóa thực phẩm và Nông nghiệp năm 1908 còn Viện Các nhà kỹ nghệ thực phẩm đã thành lập Ban Hóa thực phẩm năm 1995.